1897年1月17日，譚嗣同完成重要哲學著作《仁學》，共2卷，5萬多字。他雜糅儒、釋、道、墨各家和西方資產階級自然科學、社會政治經濟學說，形成了獨特的哲學體系。

他認為世界是物質的原質所構成，其本體是“仁”，“仁”是萬物之源；“以太”構成萬物的本質，是“不生不滅”的；宇宙間各種事物只有“變易”，沒有“存亡”，只有“聚散”，沒有“生滅”。

肯定了自然界和人類社會不是靜止的、停頓的，而是不斷運動、變化和發展的，批判了“天不變，道亦不變”的封建頑固思想，從變易中論證其改革社會制度的政治理想。

書中猛烈抨擊“三綱五常”，指斥兩千年來封建專制制度為“大盜”之政，專制君主是“獨夫民賊”，宣傳“君末民本”的民權思想，認為“君”如不能為“民”辦事，亦可共廢，否定了“君權神授”。

在《仁學》中，譚嗣同要求沖決封建主義的網羅，從而成為維新派中最激進的思想家。